La Escuela de Arquitectura de la UABJO se fundó el 5 de diciembre del año de 1957 y ya para marzo de 1958 estaba iniciando actividades. Se había fundado para ofrecer una opción más dentro del campo de las profesiones, porque la ciudad de Oaxaca crecía y los pocos arquitectos que ejercían provenían de instituciones situadas fuera del Estado. De manera que antes de su fundación, los aspirantes a esta carrera tenían que trasladarse a otra ciudad, generalmente a México, D.F.
Podríamos decir que la primera época de la Escuela comprende desde su fundación (1958) hasta el término de la gestión del Ing. Pedro Zárate Loyo como director (1972).
Los profesores que caracterizaron éste período fueron Hassar Zain, Martín Ruiz Camino, Francisco Calderón, Enrique De Esesarte y Octavio Flores Aguillón, todos ellos arquitectos, los dos primeros enseñaron teoría y destacaron como vanguardistas de la Escuela; pero su permanencia en el plantel fue breve y a su salida la Escuela cayó en una orientación tecnicista, no muy precisa, con métodos de enseñanza tradicionalistas, por cierto adoptados de la Escuela Nacional de Arquitectura (UNAM). Entran entonces a marcar la pauta profesores como Rafael Ballesteros Vizcarra, formado en la Escuela Superior de Ingeniería y Arquitectura del Politécnico Nacional; Armando Villegas Arellano, formado en el Instituto Tecnológico de Estudios Superiores de Monterrey y el Ing. Pedro Zárate Loyo.
Se caracteriza entonces la Escuela por un estatismo merced al cual ningún alumno se titula. Por un largo período la escuela sólo produjo pasantes y con esto obviamente no hubo competencia en el mercado del trabajo.
No faltaron intentos fallidos tendientes a romper éste estatismo, y éste es el caso del Arq. Armando Nicolau, un gran intelectual, inquieto, que por cierto dio clases de Historia de la Arquitectura. Separado en el tiempo se dio otro intento de cambio con la llegada a la Dirección del Arq. Ernesto Pérez Pujol en 1972, quien logró reformas; por ejemplo; cambiar el Plan de diez semestres por el de nueve.
El Arq. Pérez Pujol, aunque formado en la propia escuela por profesores tecnicistas, era liberal y había detectado la necesidad de orientar la enseñanza hacia el humanismo. A partir de aquí se desarrolla una lucha de tendencias que se agudizaron por la inestabilidad social que entonces se empieza a dar en el estado. Pues recuérdese que la Universidad refleja siempre la realidad social sobre la que se sustenta. La gestión del Arq. Pérez Pujol duró aproximadamente dos años y marco la transición a una segunda época de la Escuela. Como fenómeno coincidente aquí también empieza la masificación estudiantil para el caso de Arquitectura.
Después del Arq. Pérez Pujol, dirigió la Escuela el Arq. Sergio Rodríguez Pérez, funcionario de la Dirección de Obras Públicas del Estado. Con su gestión la Escuela volvió a adoptar la tendencia tecnicista pero ahora con visos de corte oficial. En los talleres de proyectos se desarrollaban temas semejantes a los que la DOP atendía. El Arq. Rodríguez fortaleció a sus compañeros de trabajo de la DOP, que por otro lado eran profesores de la Escuela, favoreciéndolos en la confección de sus horarios de clases. En ese año, que era el de 1975, fue invitado a dar clases el Arq. Marco Antonio Aguirre Pliego, egresado de la Escuela Nacional de Arquitectura, quien a través de sus cátedras iba tratando de incorporar una visión humanista de la Arquitectura.
Los profesores Ballesteros, Villegas y Zárate Loyo, no simpatizaban con el grupo del Arq. Rodríguez y por eso no tuvieron inconveniente en apoyar al grupo que desbancaría al Arq. Sergio Rodríguez, dicho grupo estaba encabezado por el Arq. Manuel de Jesús Ortega Gómez. Era entonces Rector de la Universidad el Lic. Guillermo García Manzano. En diciembre de 1975 llegó a la Dirección de la Escuela el Arq. Ortega Gómez, y tan pronto como lo hizo implantó un Plan de créditos inspirado en el Plan de Estudios de la carrera de arquitecto del Tecnológico de Monterrey.
El Arq. Manuel de J. Ortega duró poco como Director, porque en ese tiempo los problemas políticos de la Universidad habían llegado a niveles caóticos.
En 1976 la Universidad se escindió, y de un lado quedaron profesores como Ballesteros, Villegas, Celestino Gómez Soto, Carlos Eduardo Morales, Ignacio Silva, Jesús Angel Díaz Ortega, Manuel de Jesús Ortega Gómez, Sergio Hernández y muchos más cuya clase social era la rancia burguesía; y en el otro, irónicamente agrupados, los profesores llamados popularmente “los de Obras Públicas”, encabezados por Sergio Rodríguez y Armando Ramírez, y una mayoría de profesores liberales encabezados por Manuel Bolaños y Ernesto Pérez Pujol, quien llegaría a ser Secretario General de la Universidad en el tiempo en que fue Rector el Dr. Martínez Soriano.
El Arq. Manuel Bolaños Rodríguez, egresado de la Universidad de Guadalajara, llegó a la Dirección de la Escuela en 1977 y durante su gestión, que duró aproximadamente un año, como se estilaba entonces dada la inestabilidad política de la Universidad, se le dio auge a las tendencias renovadoras de la enseñanza de la Arquitectura y el humanismo, se incrementó el número de recepciones profesionales y se fundó el CIDAH, Centro de Investigaciones del Desarrollo de los Asentamientos Humanos. A partir de aquí se inicia un verdadero proceso dinámico en la escuela.
Mediante violentas presiones políticas, utilizando al grupo de “los de Obras Públicas” que entonces mantenían contubernio con estudiantes que militaban en el partido Comunista Mexicano, el grupo Nicolás Guillén, de reputación dudosa, hizo correr al Arq. Bolaños. Ya para estas fechas el grupo que había sido encabezado por el Arq. Manuel de Jesús Ortega Gómez integraba la planta docente de la Escuela de Arquitectura de la recién fundada Universidad Regional del Sureste.
En abril de 1978 se hacía cargo de la Dirección de la escuela el Arq. Marco Antonio Aguirre Pliego, después de ganar la votación en la que participó toda la población de la escuela (profesores, alumnos y empleados) la cual fue escrutada por distinguidos miembros de la ANUIES. El arq. Aguirre había sido coordinador del Área de Teoría durante la gestión del arq. Bolaños y estaba compenetrado en el proceso de la Escuela, por lo que continuó con algunas tareas de la gestión que le había antecedido. Además pugnó por la filosofía de enseñar con el ejemplo, de lo cual hubo muestras como aquella exposición de dibujos de profesores de la propia Escuela que se llevó a cabo en febrero de 1979. Incrementó los equipos de apoyo académico fomentando así la enseñanza audiovisual. Fundó la revista de la Escuela de Arquitectura, que sirviera como órgano de material didáctico, que estimulara la labor de investigación por parte de los profesores y que proyectara a nivel nacional ala Escuela. Se preocupó por incorporar a las filas docentes a profesores muy bien capacitados y muestra de ello es la llegada del siguiente personal: el Arq. Jorge Sámano Hernández egresado del Instituto Politécnico Nacional, los arquitectos Héctor Rivera Aviles y Rogelio González Medina de la Nacional de Arquitectura, el Ing. Norberto Sámano Hernández formado en el Politécnico y el Ing. Amado Chiñas de la Torre, formado en la UNAM, experimentado profesor de la Facultad de Ingeniería de la misma Universidad Nacional Autónoma de México. Además incorporó como profesores a jóvenes arquitectos recién egresados de la Escuela como: Fernando Méndez, Francisco Covarrubias, Rafael Torres, Abel Martínez, Gregorio Ortega, Elías Ojeda, José Luís Balderas.
En el aspecto administrativo reorganizó el archivo de la escuela y renovó algunos procedimientos. Deja el cargo en noviembre de 1979. Era entonces Rector el Lic. Ildefonso Zorrilla Cuevas.
En diciembre de ese mismo año asume el cargo de Director, también a través de votación universal, el Arq. Jorge Quintanar Castillo, egresado del Tecnológico de Monterrey, quien sigue la tónica de los dos directores anteriores, pero además funda el Centro de Investigaciones Arquitectónicas, pues el CIDAH acababa de desaparecer al renunciar a el su coordinador: Arq. Godofredo Salazar Reyes. Otra de las obras importantes de la gestión del Arq. Quintanar es la implantación de un nuevo Plan de Estudios para la Escuela, concluido en 1980 por un equipo integrado por: Rogelio González, Jorge Sámano, Marco Antonio Aguirre, Rubén Pinelo, Godofredo Salazar, Norberto Sámano, Emigdio Martínez, Héctor Rivera y el propio Director; durante su gestión se incorporan como profesores los arquitectos: Víctor Pérez Cruz, María Elena Báez Elorza y Jorge Solórzano Rodas
En marzo de 1982 el Arq. Quintanar deja el cargo y queda como Director Interino el Arq. Jorge Sámano Hernández a quien, en forma subrepticia e indirecta se le pide que garantice el voto para la futura elección de la Lic. Graciela Rojas de Niño de Rivera como Rectora de la UABJO. El Arq. Jorge Sámano se niega a garantizar Semejante cosa y se empieza el boicot a su gestión. Quien dirige este boicot aprovecha la animadversión que el grupo tecnicista -encabezado entonces por el Arq. Armando Ramírez, solamente, pues El Arq. Sergio Rodríguez ya había salido de la Escuela- tiene hacia el grupo de profesores liberales de orientación humanista, para desestabilizar la Escuela. Y no logrando así sus fines debido a que el grupo liberal de maestros es mayoritario y cuenta con la simpatía y el apoyo de la mayoría de los alumnos y trabajadores, el 13 de septiembre de 1982 manda a un grupo de golpeadores, pagados con el subsidio universitario, sobre quienes no tiene control el Rector, a arrebatarle la Dirección al Arq. Jorge Sámano.
Araíz de éste hecho violento la Escuela se escinde trasladándose el bloque liberal de profesores al edificio de Cinco de Mayo, seguido del 95% del alumnado, pues desde diciembre de 1973 la escuela se había trasladado a los edificios de Ciudad Universitaria en Cinco Señores.